Полиалфавитные подстановки маскируют естественную частоту появления символов в шифруемом тексте. Поэтому полиалфавитные подстановки значительно надежнее моноалфавитных. Однако метод частотного анализа применим и здесь. Разобъем криптограмму на блоки так, чтобы число символов в каждом блоке равнялось длине ключа. Символы криптограммы, занимающие одинаковое положение в блоках, имеют одинаковое смещение относительно символов открытого текста, т.е. при их шифровании используется один и тот же алфавит шифрования. Например, в приведенном выше примере 1-ая, 5-ая, 9-ая, ... , ( 4*i + 1)- ая , ... буквы имеют смещение, равное десяти - числовому эквиваленту 1-ой буквы ключа "К".
Описанное свойство дает возможность применить частотный анализ отдельно для каждой группы символов криптограммы, соответствующих определенной букве ключа. Такие группы символов криптограмм называют группой периода. Понятно, что число групп периода равно длине ключа.
Частотный анализ по группам ключа позволяет криптоаналитику узнать величину смещения для каждой группы,т.е. ключ шифрования.
Подобный метод криптоанализа применим, если число символов в криптограмме превышает число 20*U, где U - длина ключа.